mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCTC GGAATGAGGTTTGTTCCAAGA TGTTTGGAATGAGGTTTGTTCCAAGATCATCACACATCATGTTTCTTCTTCCCTTTCAATAATTCTTGATTAATTTATGTTCATACATCTATATATATATCTATATATATTATCAAGTCATTACATGCATGGGATGAGATATTGAGAGTGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCTCACACC 4 0 3' arm Medicago_truncatula mirbase mir-166 1e-54 tcc-MIR166c 0.0000000002 -54.5 (((..(((((((((((((.(((.(((((((......(((((((((....((((...((.((((.((((((......((((....)))).((((((((....))))))))..))))))..))))..))...)))).)))))).)))..))))))).))).)))))))))))))..))).. (-54.50)