mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGCCAAGGATGACTTGCCGG GGCAGGTCATCCTTCGGCTATA AGATGAAGCCAAGGATGACTTGCCGGTATAATAGTAATTTGCCACAAATCTAGATAGCTATTAGCTATGTTTGGATGGGCGGTGAGATTAACAAAATTACAGCAGCATTGTGATTTTGTTGATGCTTTAAAGTGTAGTTTTTATCAAAATTACAGTGGTTCACTGTAATTATGAGAATCTCACCGTCAATCTAAATATGCATTTAGTTTCATTTCCGGCAGGTCATCCTTCGGCTATATT 1 1 5' arm Medicago_truncatula mirbase MIR169_2 7e-134 mtr-MIR169l 4e-135 -102.3 .((((.((((((((((((((((((((..(((((((.(((((.........))))).)))))))((.((((((((((.((((((((((((..((.((((((((.(.(((((((((((((.(((.(((.........)))..))).))))))))))))).)...)))))))).))..)))))))))))).))))))))))))..............)))))))))))))))).)))).)))) (-102.30)