mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGCCAAGGATGACTTGCCGG GGCAGGTCATCCTTCGGCTATA AAATGGAGCCAAGGATGACTTGCCGGTATATTAGTTTGTCGCTAAAGCTAACTAGCTTTAGTTGTTGGGTACTCCCGGCAGGTCATCCTTCGGCTATATT 1 1 5' arm Medicago_truncatula mirbase MIR169_2 9e-51 mtr-MIR169e 5e-52 -47.72 .((((.((((((((((((((((((((..((((........(((((((((....))))))))).....))))...)))))))))))))))).)))).)))) (-47.72)