mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAGCCGTGCCAATATCACG AGATATTGGTGCGGTTCAATC GATGAGATATTGGTGCGGTTCAATCAGAAGGCAGTGCTTTTATAATTCAAAAAGCTCTGTGTTATTTGATTGAGCCGTGCCAATATCACGTGTTA 3 0 3' arm Medicago_truncatula mirbase MIR171_1 9e-48 gma-MIR171c 4e-31 -48.5 .(((.((((((((..((((((((((((((.((((.((((((........)))))).)))).)..)))))))))))))..)))))))).))).... (-48.50)