mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGTGCCAATATC TATTGGCCTGGTTCACTCAGA AATGAGATATTGGCCTGGTTCACTCAGACCAAGTGATAAACCACTAAGATACAGTATTGTACTTGTGTGGTTTTGGGTTTGATTGAGCCGTGCCAATATCTCACT 2 0 3' arm Medicago_truncatula mirbase MIR171_1 1e-53 mtr-MIR171d 6e-55 -52.3 ..((((((((((((.(((((((.(((((((.......(((((((((((.(((......))))))).)))))))..))))))).))))))).)))))))))))).. (-52.30)