mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGAGCTCCC GAGCTTCCTTCAGTCCACTC ATTATTAGAAATAGATGAAGAGAGCTTCCTTCAGTCCACTCATGGAAGGGTAAGGGGTTTGAATTACCTGCTGACTCATTGATTCAAACACAATAGACAATTATGGGGTTATGCTATTGTGAATGTGTGAATGATGCAGGAGGTGAATTTCTTCCTTTTCTTCTTTGCTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTTTTTCTATTTATAAATTA 2 0 3' arm Medicago_truncatula mirbase MIR159 1e-104 vvi-MIR319f 4e-36 -87.1 ....(((.(((((((.((((.(((((((((((((((((..((.(((((((.((((((...((.((((((.(((..(((((.((.((..((((((((..((((....))))...))))))))..)).)).)))))..))).)))))).))..))))))))))))).))..))))))))))))))))).)))).))))))).))).... (-87.10)