mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGAGCTCCC GAGCTTTCTTTAGTCCACTC TAAGAGAGCTTTCTTTAGTCCACTCATGGGTGACAATAAGATTTCAATTAGCTGCTGACTCATTCATCCAAATGTTGAGTAAAATATATAGAAACATATACTCATCAAATGAGTGAATGATGCGGGAGACAAATTGAATCTTAAGTTTCCTATACTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTTTTC 4 0 3' arm Medicago_truncatula mirbase MIR159 3e-98 gma-MIR319b 7e-59 -68.03 .(((.(((((..((((((((((...(((((.(((..(((((((.(((((.(((.(((..(((((((..((..((.((((((.................)))))).))..))..)))))))..))).)).).)))))))))))).))).)))))...))))))))))..))))).)))... (-68.03)