mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCACCCCTT GGAGTGACACTGAGAACACAAG TCTCAGAGGAGTGACACTGAGAACACAAGATTGATTAATCATATAATGTATTTGGTTGTTACTAGTTGATTTTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGAGT 1 1 3' arm Medicago_truncatula mirbase MIR398 1e-49 vvi-MIR398a 0.00000002 -48.5 .((((((((.(((((.(((((((((((((((..((((.....(((((.......)))))...))))..)))))))))))))))))))).)))))))). (-48.50)