mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCGCCCCTG GGGTCGACATGAGACCACATG TTCTACAGGGTCGACATGAGACCACATGAAGCTATCATATTTGTCTATGTTATCCAACTCATGTGTTCTCAGGTCGCCCCTGCTGAA 3 0 3' arm Medicago_truncatula mirbase MIR398 5e-43 mtr-MIR398c 0.000000000000001 -33.76 .((..(((((.((((.(((((.(((((((......((((......)))).........))))))).))))).)))).)))))..)). (-33.76)