mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAGCTGCCCTG GGGCATGTCTCTATTGGTAGG TCATAGGGCATGTCTCTATTGGTAGGTGATATGGTGATATTTCATTTGAATTAGAGGCTTCAGAAATTCACTTGCCAAAGGAGAGCTGCCCTGTGAGTGTTTAGCTTAAACA 3 0 3' arm Medicago_truncatula mirbase mir-399 0.0000004 mtr-MIR399d 1e-37 -44.7 ((((((((((..(((((.(((((((((((.....(((..((((..........))))..))).....))))))))))).)))))..))))))))))..(((((...))))). (-44.70)