mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAATCTAGGAAAATACGGTG CCGGATTTCCTTGATTAAAG CCCGGCCTCTCTCTTGCCTCATAGCTAGTTAGGGTTTTCGTTGCTGTCTCGTGTTTTCTTTTGATCCATTCAATTTTTTTAATCTAGGAAAATACGGTGGAGAGGGTTTTTCTTTTTATTGTTTGAGATTGATATCTCTCGTCTTCTCTACCGGATTTCCTTGATTAAAGAAATTTACTGGTTCATTATTATTTTTTAGCTATGATGACAATGTGTATCCCAGCTCATTATGAGGCCTTTTTGTAAGGTCTGGG 3 1 5' arm Medicago_truncatula mirbase snoR69Y 2e-26 mtr-MIR1509b 0.0002 -84.55 ((((((((..(....(((((((((..((((.((((...(((((..(((..((.........(((.(((.(.(((((((((((((.((((((...((((((((((((.....(........)...(((((....)))))...))))))))))))..)))))).))))))))))))).).))).))).............))...)))..)))))...)))).))))..)))))))))......)..))).))))) (-84.55)