mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCAATGTAATCTAGGTCTAC AGGCCTAGATTACATTGGACA GTAGACGGCGGCTTAACCGATGTAGGCCTAGATTACATTGGACAAAACAGTCCAAACTTGAGATGGTTACTTCTTGGTCCAATGTAATCTAGGTCTACATCTGTTAAGTCTCTAA 0 0 3' arm Medicago_truncatula mirbase 100 mtr-MIR2088a 7e-61 -58.2 ......((.((((((((.(((((((((((((((((((((((((.....(((...((((......))))))).....))))))))))))))))))))))))).)))))))).)).. (-58.20)