mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAATCTGCATCCTGAGGTTTA AACCTTAGAATGCAGATTATC TTATTGGGTAAGGATTAGATAATCTGCATCCTGAGGTTTATAACAATATTTTAGCTGTCTTTAACCTTAGAATGCAGATTATCCTTTCCTTATTGCCAATGC 2 0 5' arm Medicago_truncatula mirbase 100 mtr-MIR2111j 1e-40 -41.8 .(((((((((((((...((((((((((((.((((((((.(..(((..........)))..).)))))))).))))))))))))...)))))))..)))))). (-41.80)