mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAATCTGCATCCTGAGGTTTA AGCCTTGGATTGTAGATTATT ATATTGGGTGGGGATGGGATAATCTGCATCCTGAGGTTTAGAACAATAGTTTCTTCATTTCCTTAAAAAGAAAATAGTTGCGTAATTGTTTCTAAGCCTTGGATTGTAGATTATTTTTTCCTTAACATCAATGC 4 0 5' arm Medicago_truncatula mirbase 100 mtr-MIR2111r 3e-23 -49.9 .((((((.((((((..((((((((((((..(..((((((((((((((.((..((...((((........))))..))..))...)))).))))))))))..)..))))))))))))..))))))...)))))). (-49.90)