mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGCCTCGGAGTGCGGATTATC TAACCTGCATTCTGAGGTTTA AATTGCGTAATCGTTTCTAAGCCTCGGAGTGCGGATTATCTTTTCCTATCACCAATGCAGAATAATGAAATCAAATTGATGGCTTCTATTTTCTATATGTCCTCATATGATGGAGTTAGAATAAATATTGGGTAAGGATTAGATAACCTGCATTCTGAGGTTTAGTGTAATATTTTAGTGATC 1 0 5' arm Medicago_truncatula mirbase 100 mtr-MIR2111m 1e-26 -59 .((..(..(((.(((.((((((((((((((((((.((((((..((((....((((((.........(..(((.....)))..).((((.((((((((((....))))))..)))).)))).....))))))...))))..)))))).))))))))))))))))))...))))))...)..)). (-59.00)