mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAATCTGCATCCTGAGGTTTA AGCCTCGGAGTGCGGATTATC ATATTGGGTGAGGATGGGATAATCTGCATCCTGAGGTTTAAGACAATATTTGCGTAATTTCCAAAAAATAAATAAATTGCGTAATCGTTTCTAAGCCTCGGAGTGCGGATTATCTTTTCCTATCACCAATGC 2 0 5' arm Medicago_truncatula mirbase 100 mtr-MIR2111r 6e-31 -57.82 .((((((...((((..((((((((((((..((((((((((.((.(((..(((((((((((.............)))))))))))..)))))))))))))))..))))))))))))..))))....)))))). (-57.82)