mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAATCTGCATCCTGAGGTTTA AGCCTTGGAGTGCAGATTATC TAACAGCTGCGTAATTGTATCTAAGCCTTGGAGTGCAGATTATCTCTTCCTTAACCCCAATAGGCGTAGAACTATGAAATTGTTGGGTTTCAAATGTGAGTGATTAAGTCTCACATCAATTTGAAATGAAGAAAATGTTTGATATAAAGTGATGCGACACATATACTTAATATCTTAAGGAATTGGGTGAAGATATGGTGTCAAAGTCTCTTAGAGATCCTCGATGTATAGCCTATTACCGCTCCCGCCGCTCCCAAGACTACACAACACATATCAACATGACGGTTTCCATTTTCCTTTAGAGCAATAAGTCTTCTTGATGGAGTCGGTATAATTATTGGGTAAGGATTAGATAATCTGCATCCTGAGGTTTATAGCAATATTGTAGTTGTT 4 0 3' arm Medicago_truncatula mirbase 100 mtr-MIR2111l 7e-30 -122.7 .((((((((((..(((((...(((((((..(..((((((((((((..((((((..((((((((..((((..(((((..((((..(((((((..(((((((.........)))))))..............................(((.(((..((((((((((((((((.((....)).)))))))....)))).)))))...))).))).))))))).)))).))))).))))(((((((((....((((..(((...........(((......)))..((...))......)))..))))..((((....))))..)))).)))))...))))))))))))))..))))))))))))..)..)))))))..)))))..)))))))))) (-122.70)