mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACTTCAGATTGATGGTGTGT ACACCTTTGATCTGAAGTGTC TCGTGTCGTTGACCAAGTGGATACACCTTTGATCTGAAGTGTCAATGCTACATAGGTTACTAGCAGCAGCGAAGGGTATTTAGGTTATTGAAATATCATCAAAAATAAACTTTGTCAACAAAACACCAAAGTCTCTTAAGAGTTTCACATTAGAATGATACATTAAGATTATGTAGCACCAACACTTCAGATTGATGGTGTGTCTGGTATCCGACACGT 3 0 3' arm Medicago_truncatula mirbase 100 mtr-MIR2644a 2e-118 -75.75 .(((((((...((((....((((((((.(..(((((((((((...((((((((((((...........((((((..(((((..(....(((....))).)..)))))..)))))).........)))......((((((..((.(((........))).)).)))))).)))))))))...)))))))))))..).))))))))))))...))))))). (-75.75)