mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTCACGGGGACGAACCTCCT GAGGGTTGCCCCTGTTGAA AATTCACGGGGACGAACCTCCTTCGTTGAAAGTTTGCTTTATTCTTTTGATATATCTATCCATGATACAAGGAAGTAATGCATTTAAGTTCAATCAAGCTTGGCCTTCATCAGAATTTCCGTTGACGGGACTCCACAGGAGGTACAACCTTTAAGTTGATACTGAGGGATGGAGGGAGGGTTGCCCCTGTTGAA 3 1 5' arm Medicago_truncatula mirbase 100 mtr-MIR2647b 9e-108 -57.8 ..(((((((((.(((.((((((((.(((((..(.(((.(((((..((((...((((.......))))))))..))))).)))...)..))))).........((((((....((..(((((....))))).))....))))))....((((((.((....))))))))...)))))))).))).))))).)))) (-57.80)