mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACTTAAATATGTTTTCAGTCC ACGAAAAACATATTTAACCTTA AGTCTCAATTATTTCAAACTTAAATATGTTTTCAGTCCCTACATTTTGCGTGACTTTAAAGAATAATCTTTATATTTTAGGGATTTTAAAAACATTTATTGAAATGTAAGGACTATTTTTAAAAGTCACGCAAAATGTCGGAACGAAAAACATATTTAACCTTAAAATATTTGGAACC 5 0 5' arm Medicago_truncatula mirbase 100 100 -65.4 .((..(((.(((((.((..(((((((((((((..((.((.(((((((((((((((((.(((((((.((((((((((((((.((............)).)))))))))))))).))))))).))))))))))))))))).)).))..)))))))))))))..)).))))).)))..)). (-65.40)