mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGATTGGTATGCCTGCATT TGCAGGCATACTAGTCAAATT ATTGGGGTGCAATATAATTTAATGCAGGCATACTAGTCAAATTATTTGGTTTAATTTCCCCTTTTGAGGTTTTTTTCTTTTGTACATTTGGAAATTGAATCAAATAATTTGATTGGTATGCCTGCATTAAATTGTATTGTGCCCCAA 0 0 3' arm Medicago_truncatula mirbase 100 100 -86.49 .((((((..((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((......((((......))))..........))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))..)))))) (-86.49)