mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGCAGGGTGCATAAGGATT TCCTTATGCACCCTGCATAAA GCGGTTATGGTGTATAACGAAATCCTTATGCACCCTGCATAAATTCAGAAATGGTTTTGGAGTACAACTTACAAAAACCATTTTCCCAATAAAATGGTTTTTGCATAATTTTATGCAAGGTGCTGGAAATCCTTATGCAGAGTACTGGAAAGCATTAAGTACAACTCACATAAACCATTTCTGGATTTATGCAGGGTGCATAAGGATTTCCTTATGCACTATAGTCG 0 0 3' arm Medicago_truncatula mirbase 100 mtr-MIR2652d 8e-127 -113 .((..((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...(((((..(((((((((((......)))))))))))((((((....))))))..(((((((....)).....(((....)))...))))))))))...)))).)).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))..)) (-113.00)