mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCATGGGTGCGACTTGGTAAG TCAAGTTCTGCCGGTGGTT ATTCTACTTCAAATCAATGGCATCTTCAAGTTCTGCCGGTGGTTCTTCATCGAATATGGATATAGATACTCCTGCTTATGAAATCAAAGGAAGAACTATGTCGATTGAGGAATGGGAACTAATCATTCAAGCGGAAAATCCAGTGGATTTCACTTCTCTATCTCACCATGGGTGCGACTTGGTAAGATTCTACAAGAAGCAGAAG 2 2 3' arm Medicago_truncatula mirbase 100 mtr-MIR2659b 3e-114 -51.04 .((((.((((.......(((.(((((((((((.((((.(((((((((((......((.(((((((.(..((((..............))))..).))))))).))))))))..(((((......(((((...((.....))..))))).....)))))......))))).)))).)))))))..)))).)))...)))).)))). (-51.04)