mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCATGGGTGCGACTTGGTAAG TCAAGTTCTGCCGGTGGTT ATTCTACTTCAAATCAATGGCATCTTCAAGTTCTGCCGGTGGTTCTTCATCGAATATGGATATAGATACTTCTGCTTATGAAATCAAAGGAAGAACTATGTCGATTGAGGAATGGGAGCTAATCATTCAAGCGGAAAATCCTGTGGATTTCACTTCTCTAACTCACCATGGGTGCGACTTGGTAAGATTCTACAAGAAGCAGAAG 2 2 3' arm Medicago_truncatula mirbase 100 mtr-MIR2659f 2e-109 -51.5 .((((.((((.......(((.(((((((((((.((((.(((((((((((((((.(((((..........((((.(((.((....)).))).))))))))))))).))))))..(((((..((((......((((......)))).))))...))))).......))))).)))).)))))))..)))).)))...)))).)))). (-51.50)