mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCATGGGTGCGACTTGGTAAG TCAAGTTCTGCCGGTGGTT ATTCTACTTCAAATCAATGGCATCTTCAAGTTCTGCCGGTGGTTCTTCATCGAATATGGATATAGATACTCCTGCTTATGAAATCAAAGGAAGAACTATGTCTATTGAGGAATGGGAGCTAATCATTCAAGCGGAAAATCCTGTGGATTTCACTTCTCTAACTCACCATGGGTGCGACTTGGTAAGATTCTACAAGAAGCAGAAG 2 2 3' arm Medicago_truncatula mirbase 100 mtr-MIR2659a 3e-114 -53.44 .((((.((((.......(((.(((((((((((.((((.(((((((((((......((((((((((.(..((((..............))))..).))))))))))))))))..(((((..((((......((((......)))).))))...))))).......))))).)))).)))))))..)))).)))...)))).)))). (-53.44)