mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGTGGGCAATGCTAAAAAGT TTTCTAGCATTGCCCACATTC GCTACTTCCTCCGTTTTACAATGTAAGACTTTCTAGCATTGCCCACATTCATTAACATCTATATATATGTGGGCAATGCTAAAAAGTCTTACATTGTGAAACGGAGGGAGTAG ACCTGGACATGTTTGAGGATTCTGAGTAAGTTTTACTGAATGTGTAATGAAGTGGTGGTTTCATTTTTAATTGACAGTTTTCTAAAACAAAATTCATGCTCACATGGGTGTCATAATACAAAGTAGTGACATTTCCCTATATATTTTCATATTAATCTAATTGACCATTCGACATTACAAATTAAATCCAGCGTCTTAATCGGTATGATGTGAAGAACCATAGCTAAAGTTAACCATCTTATTTCTATTTAATTCTGTTATGAACAAGCATCGCACATGGTAGCTACTTCCTCCGTTTTACAATGTAAGACTTTCTAGCATTGCCCACATTCATTAACATCTATATATATGTGGGCAATGCTAAAAAGTCTTACATTGTGAAACGGAGGGAGTAGTAGATATTCTCTTTATCTATTTTCAGCAATGGAGGAACCATAACTGAAGTTTATTGGGATACTGGAGGATGATATTGGCTACCTGTCCATCCACTTGCGACATACTCTCTCCGTCCCAAAAAAAANCCAATCCTGGGTTTTGAACCTGGACACACATGCGTTCAGGTCCAAACCCAGGATTGAGT 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 5e-28 osa-MIR441a 6e-18 -70 .(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((....((.....)).....))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))) (-70)