mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTTCTAGCATTGCCCACATT TATGGGCAATGCTAAAAAGTC CTTATAATCTACTACCTCCGTTTCAGTTTATAAAACTTTCTAGCATTGCCCACATTCATATAGATGTTAATGAATCTAGGCGCGCGCGCGCGCACACATATATATATATATATATATTCATTAACATATATATAAATATGGGCAATGCTAAAAAGTCTTATAATATGAAACGGAGGAAGTACTACTTAC GACGAGTGGGTGAGCCGGTTAACCAAGACTGTACCCCATTGTTGCTAATGAAATGTGACCCTATCTTATAATCTACTACCTCCGTTTCAGTTTATAAAACTTTCTAGCATTGCCCACATTCATATAGATGTTAATGAATCTAGGCGCGCGCGCGCGCACACATATATATATATATATATATTCATTAACATATATATAAATATGGGCAATGCTAAAAAGTCTTATAATATGAAACGGAGGAAGTACTACTTACGCTACTGCGACAAACAAATTAAATCTCAATGGAAGAGGCATTGTGGATGTCACTTCGCATGGCATTATGGCCCTTGTAACCACATTACGACATTGTCGTTAAGCAGGATAGATTAGCATATTCTGGATTAGCGGTAGAGTTCCCCTAATGTGTTTAGGTGCAGCTTGATTCTTGAATTCGTAATCTCTCTATTTATTTATTTATATATATAAGTGAAGCTGTTGGTTGCAAAAAAAA 2 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-25 osa-MIR819e 3e-30 -76.1 .........((((.(((((((((((..((((((.(((((.((((((((((((.(((.(((((.((((((((((((.((.(((((....)))))....(((((....))))).)).)))))))))))).))))).))).)))))))))))).))))).))))))..))))))))))).))))........ (-76.1)