mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA GAGCTCCTTGAAGTCCAATAG TTTTGGAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAATAGAGGGTCTTACTGGGTAGATTGAGCTGCTGACTTATGGATCCCACAGCCCTATCCCGTCAATGGGGGGCATTGGATAGGCTTGTGGCTTGCATATCTCAGGAGCTGCATTATCCAAGTTTAGATCCTTGTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACACCTCTCTC 3 0 3' arm Vitis_vinifera mirbase MIR159 4e-104 rco-MIR159 2e-31 -92.4 ....((.((((((((((((..(((((((..((((((((.(((((((((..((((((.((((..((((.(..((((((.(((((((.(((.......)))...))))))).))))))..).))))..)))).)))).)))))))).)))..))))))))..)))))))..)))))))))))).))...... (-92.40)