mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGAGCTCCCT AGAGCTTTCTTCAGTCCACTC TTACATTGAAGAGAGCTTTCTTCAGTCCACTCATGGGTGGCAGTAGGATTGAATTAGCTGCCGACTCATTCATCCAAATACTGTGTTAAGGACTACCCAGTAAATGATTGAATGATGCGGGAGACAAATTGGATCTTAAGCTCCCTGTGCTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTTCACTGCAATC 4 0 3' arm Vitis_vinifera mirbase MIR159 3e-95 ptc-MIR319a 4e-54 -83.4 ...((.(((((.(((((..((((((((((..((((((..((..(((((((.((((.(((.(((..(((((((..((..(((((.((........)).)))))..))..)))))))..))).)).).)))).))))))).))..))))))..))))))))))..))))).))))).))..... (-83.40)