mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGCCAAAGGAGAGTTGCCCTG GGGCTTCTCTCCTTCTGGCAGG AGTAGTTGTAGGGCTTCTCTCCTTCTGGCAGGAGATGGCAATAGATTATCCTTTGTGGCTTATCTCCGGTGTTGATTAACTTCCAATGACCCGCCAAAGGAGAGTTGCCCTGTGACTACTTC 3 1 3' arm Vitis_vinifera mirbase mir-399 9e-64 vvi-MIR399b 0.0000001 -57.9 ((((((..((((((..((((((((.((((.(((((((((.(((((......))))).)).)))))))(((((((.........)))).))).))))))))))))..))))))..)))))).. (-57.90)