mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGCACTGCCTCTTCCCTGGC CGGGGACGAGGTAGTGCATGG AAGAGGAAGACGGGGACGAGGTAGTGCATGGATGGAACTATTAACAGAAGAATGTTAAGCTGTTTTTGCTCTACCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCTGTCTCTC 3 0 3' arm Vitis_vinifera mirbase MIR408 7e-55 ptc-MIR408 0.000000000001 -51.9 .((((..(((((((((.((((((((((((((.((((.(....(((((............)))))...).)))).)))))))))))))).))))))..)))..)))). (-51.90)