mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCTCTGATACCAATTGATA TTAGTTCCTTCATGAGTTATT TTTCACTTGATTAGTTCCTTCATGAGTTATTTCAAGCAATCTCCAAATTTCCTTAGCAGATTTACATTGGCATATTCTATTATATTCATTCCTATCCATAGCACATTGCAAAGTAAAAACGACTTTAGCATTTAATTGAAAATTTCTTCTATCAAGCTCATTCCATTCTTGCTTGAGTTTTGGAACCAAAACTCCATCAACTAATTTAGTGGGAAAAGTTGGGCCATCTTCAATGACATCCCATACATCTAAATCAGTTGATTGTAAGTACCAAGTCATTCTAACTTTCCAATAGGGATAGTCGGTTCCCGTAAAGAATGGAGCTCTATGTTTTGAACAATTTTCAGTTTGAGATGAGCTTGATGGAACAACCATTTTCCTCTTAGATGATTAAGTCTTAAGCAAGAGGTCTAGCTCTGATACCAATTGATAAAACAAAGGC 5 2 3' arm Vitis_vinifera mirbase 100 vvi-MIR845a 0 -106.1 .....(((.(((((((...(((.((((((((((..((.......................(((((..(((.((((......)))))))............((.....))...)))))...(((((...(((((((..((((((((.(((((((((((((.((((((((((((((((((((((....)))))))).(((((((.(((((((((((...((((((.....))))))....))))).....)))))).)))))))...)))).........................((((........))))...))))))))))......((((..(((........)))..))))))))))))))))).))..))))))...)))))))...)))))....))..)))))..))))))))....)))))))......))).. (-106.10)