mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATGTTGACATCATCCAATATA TATTGGATGATGTCAACAAGTT AGGTGGTGTTTGGTCTTTGGTTGAATAGAAAAAGTCAAAATATTTGGCTTTTTCTATTCAGCTAAAAGTAACATGTTGACATCATCCAATATAATTAAACTGAACCTATTGATAACAAGTTCATTTTAGCTATATTGGATGATGTCAACAAGTTACTTTTAACTGAATAGAAAAAGCCAAATATTTTGGCTTTTTCTATTTAGCCAAAAAACAAACACCACCT 1 0 5' arm Vitis_vinifera mirbase 100 vvi-MIR3631b 2e-59 -137.8 ((((((((((((...((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((.((((((((((((((((((((.(((((.(((((...(((....)))))))).))))).)))))))))))))))))))).)))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))...)))))))))))) (-137.80)