mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGGACCAGGCTTCATTCCCC GGAATGTTGTCTGGCTCGGGG GGGAGCCTTTTCATTTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGGGGCTACTTTTAATTTCTCTCTCTTTTGATATCTTCTTTTCTCGATCTCCTAGCTTGATCTTTTGATCTCTCAAATCGATCTTAAGAAAAAGATCAGTCAAAGAGATGAGAGTAGATGTCTGTAGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAAACAGAAGGGCTCCC 4 0 3' arm Oryza_sativa mirbase mir-166 1e-39 bdi-MIR166b 8e-16 -87.27 (((((((((((...((((.((((((((..((((((..(((((((((.....(((((((((((((((((((((((..(((((.((((.........((((....)))).........))))...))))))))))..))).)))))).))))).))))....)))).)))))..))))))..)))))))).))))..))))))))))) (-87.27)