mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAATGTGAGAAATGTTAGAAT TCTAGCATTTCCCACATTCATA TTTACAGGTACTCCCTCCGTTTCACAATGTAAGTCATTCTAGCATTTCCCACATTCATATTGATGTTAATGAATCTAGACATAGTTATCTATCTAGATTCATTAACATCAATATGAATGTGAGAAATGTTAGAATGACTTACATTGTGAAACGGAGGAAGTAGTAAA 1 0 3' arm Oryza_sativa mirbase MIR1122 1e-66 osa-MIR808 1e-63 -111 .((((...((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((..(((....))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))). (-111.00)