mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAATGTGAGAAATGTTAGAAT TCTATCATTTCTCACATTCATA TACTCCCTCCGTTTCACAATTTAAGTCATTCTATCATTTCTCACATTCATATTAATGTTAATGAATCTAGACATATATATCTATCTAAATTCATTACCATCAATATGAATGTGAGAAATGTTAGAATGATTTAAATTGTGAAACGGAGGAAGTA 1 0 3' arm Oryza_sativa mirbase MIR1122 4e-54 osa-MIR809d 4e-60 -86.5 ((((.((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((.(((.((((((((.((((............)))).)))))))).))).))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))).)))) (-86.50)