mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGACGGATCTCGGATGTCCA GACGTCCGAGATTCGTCTACT TGGAAACTACTGTTAGATCGAACAATAGACGTCCGAGATTCGTCTACTTCATCACGAGTAAAAGTTTTATTAACGGATTTACTGCAAGTAAAATTTTTACTCTTGATGATGTGGACGGATCTCGGATGTCCATTTTTTATCCAAAGGTAGTTTCCA 1 0 3' arm Oryza_sativa mirbase MIR811 6e-84 osa-MIR811d 3e-85 -81.6 .((((((((((.((.(((.(((.(((.((((((((((((((((((((.((((((.((((((((((((((((..(((.....)))..)))))))))))))))).)))))).)))))))))))))))))))).))).)))))).)).)))))))))). (-81.60)