mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GACGGACGGTTAAACGTTGGAC CTACGTTTGACCGTTCGTCTT GTATCCGTATCTACGTTTGACCGTTCGTCTTATTTGAAAATTTTATGAAAAGATTAAAAAAATAGTCACGCATAAAGTAATATTCATGTTTTATCATCTAATAACAATAAAAATACTAATCATTAAAAATTTTCAAATAAGACGGACGGTTAAACGTTGGACACGAATAC 1 1 3' arm Oryza_sativa mirbase MIR812 1e-79 osa-MIR812d 5e-32 -58.54 ((((.(((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...(((((......)))))........((((.......((((............)))).......))))..))))..))))))))))))))))))))))))))))))).)))).))).)))) (-58.54)