mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GACGGACGGTTAAACGTTGGAC CTAATGTTTGACCGTCCATCTT GGTTTCCGCGTCTAATGTTTGACCGTCCATCTTATTTGAAAAAAATTAAAAACATAAGTCATGCATAAAATATTATTCATGTTTTATCATTTAACAATAATAATAACACCAATCATAAAAAAAAATTATATAAGACGGACGGTTAAACGTTGGACACGGAAACC 1 0 3' arm Oryza_sativa mirbase MIR812 3e-46 osa-MIR812o 4e-17 -55.5 ((((((((.(((((((((((((((((((.((((((.(((............((....)).(((.(((((((((.....))))))))))))...................................))).)))))).))))))))))))))))))).)))))))) (-55.50)