mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGACGGATGATTAAAGTTGGACA CTCAACTTTAATCGTCCGTCTTAT TTCCGATGTAATCCCTCTGTTCCATTTTAAGTGCAGCCATGGTTTTACGCGCTCAACTTTAATCGTCCGTCTTATTTAAAAAAAATTAAAAACATAAGTCATGAGTAAAGTATACTATTCATATTTTATTATCTCATAACAATAAAAATACTAATTATAAAAAAATTTAAATAAGACGGATGATTAAAGTTGGACATGGAAACTCATAGTTGTACTTAAAATGGGACGAAGGGAGTATCATT 3 0 3' arm Oryza_sativa mirbase MIR812 2e-47 osa-MIR812j 6e-20 -92.1 ....((((...(((((.((((((((((((((((((((.((((((((.((.(..(((((((((((((((((((((((((((.................((.(((((((((((((.......))))))))....))))).)).......(((.....))).......)))))))))))))))))))))))))))..).))))))).))).)))))))))))))))))))).))))).))))... (-92.10)