mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCTCTTCTTCGTGTCGCATTT ATGGGACGGGCAGGGAAGGAAGT GTGGGGAAGAGATGGGACGGGCAGGGAAGGAAGTAGATGGATAGAGTTTGGGGATAGGAGGGAAGGGGATAGATTTGGTTGTTTTTCGGAAAAAAAAAAACCTTGTGTTTTTCATGTTTACAGTGCTGCCCCTAAGAGCAGAATTTTCTCTTCTTCGTGTCGCATTTCTTTAAAAGC 4 1 3' arm Oryza_sativa mirbase 100 osa-MIR2097 6e-78 -43.8 .....(((((((((.((((.(.(((((..((((....((.......(((((((.(((.(.(((..(..(.(.((..((((.(((((......))))).))))..)).).)..)...)))....).))).)))))))..))....))))..)))))).)))).)))))))))...... (-43.80)