mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACCGCTGTTTAGGCGGAGTGG CAAGTTGCCAAACAAGCCAAGTTGC TTCCCTTCTCTCAAGTTGCCAAACAAGCCAAGTTGCCAAACAAGCCGTAGGGTGGGTGGGGAAGATCGGAAGAAGCGGCACTCGATCGCTATTTTTTTTCTTTTTACCGATCTCTTTCTGTAACCGCTGTTTAGGCGGAGTGGGGAGTGGGAA 3 5 3' arm Oryza_sativa mirbase 100 osa-MIR2100 2e-58 -50.6 .(((((((((.((..((((((((((.((...(((((...((..(((....)))..))(..(.(((((((((((((.(((........))).........)))))).))))))).)..).))))).))))))).)))))..))))))).)))). (-50.60)