mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAATTGCCCTG GTGCGGTTCTCCTCTGGCATG AGTGTTCAGGGTAAGAATCACAGTGCGGTTCTCCTCTGGCATGGAGGCCAACATAGCAGGCATTGGAGAATGCACAGCGCTATCGCCATCCCTGCCAAAGGAGAATTGCCCTGCCATTCGGTATAACCCTGG 2 0 3' arm Sorghum_bicolor mirbase mir-399 2e-58 zma-MIR399a 0.0000000004 -59.3 ......((((((..((((..(((.(((((((((((.(((((.((((((....(((((..(((((....))))).....))))).))).))).))))).))))))))))).)))..))))......)))))). (-59.30)