mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACTCTCTCCGTCCCATAAT TATGGGACGGAGGGAGTAAAT TTTGATGAATATTACTCTCTCCGTCCCATAATATAAGGGATTTTGAGTTTTGCTTGTAAGTGTTTGACCACTCGTCTTATTCAAATAATTTATGCAAATATAAAAAACGAAAAGTTATGTGTAAAGTATTTTTGGNATAATAAAGTAAGTCACAAAAAAGTAAATAATGATTCCAATTTTTTTTAATAAGACGAGTGGTCAAACCGTATAAGTAAAAACTCAAAATCACTTATATTATGGGACGGAGGGAGTAAATACCAAGAT CAATTATCTGCGCACCGGGGCGGAAAACAAACATGGAGCAACTAGGGTTGAAACCCTATACCTAGCTCCGTAATCCTTATTATATTTTTAAAAAAATGCTATATAATTTGTGAAAAAAATAGCTCTTATTTGTTTAGGCTGAAATCGCTCCGTAATTCTTATTATATTTTTTAAAAAAATGCTATATTATTCGTGAAAAAATAGCTCTTCATTAGTTTAGCCCTATGCGTGAAAATTTTCGAGCTCTGATACCGTTTACACATTCTTCTTTGCAAAATAGAATGGAATAAATGGTGCATATTTCAGGTTCTATATATGCAAGGATCATAAAATTTATCAGATACTCTCATACATGTAATTGTCCATTTGCTGCTTCTCACAGGAGTATGCTGAAATGACTCATACCAACATATATTAGTTCACCCGGGTATCTAACGTTTTGATGAATATTACTCTCTCCGTCCCATAATATAAGGGATTTTGAGTTTTGCTTGTAAGTGTTTGACCACTCGTCTTATTCAAATAATTTATGCAAATATAAAAAACGAAAAGTTATGTGTAAAGTATTTTTGGNATAATAAAGTAAGTCACAAAAAAGTAAATAATGATTCCAATTTTTTTTAATAAGACGAGTGGTCAAACCGTATAAGTAAAAACTCAAAATCACTTATATTATGGGACGGAGGGAGTAAATACCAAGATCTTACAAGCGTTGGTTAAGAAAAAGA 0 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 2e-29 osa-MIR818e 0.000000000000004 -96.9 ...........((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((...((((((((((((((((((((.(((((.((((((((.....................)))))))).))))).(((..((......))..))).((((((((..............)))))))).))))))))))))))))))))..))))))).))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))).......... (-96.9)