mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGCTATATTTTGGGACGGGG CCGTCCTAAAATATAAGATT GGTACTCTCTCCGTCCTAAAATATAAGATTTTTATTTATGAATGTCCAGATTCATAACTAAAAATTGCTATATTTTGGGACGGGGTAGTAGTTA GGTACTCTCTCCGTCCTAAAATATAAGATTTTTATTTATGAATGTCCAGATTCATAACTAAAAATTGCTATATTTTGGGACGGGGTAGTAGTTAATTAGGTTGGTAGGATAGGGTAGGGGAGAGAAATGTGGATGTTTTGGATGAGTGATGATATTGTTAACAATGGAGTCTTTTTTGCTGAAATGATCAGAGGAGAAGAACTAAGGGAATGGAAGGGAGTGTGCCTACCTGCCATTATCAGGTAGGTAAAAGTAGTTTACTGACAAATGCCGAGCGTTGGAGTATCACTTAAGATTGTGTCTTGTGTAGTTGTGTGCTTAAAGCATCGAGCTTCCGTCTCTTTGAACGTGTGTTAAAATAGCGTACCAGTAGATTACATGTGTGTAGGTAGTGTACGTGGGTGATGTGTAAGTGCATGTCTCATTAGGAAAAATGATAAAAATAGATTATAGGGACAGAGAAAAAATGATAACAATGAATGTTGCTGG 1 1 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 0.0000000000004 osa-MIR1439 0.00000000007 -37.9 ..((((..(((((((((((((((((.((((((((.((((((((......)))))))).))))))))..))))))))))))))))).)))).... (-37.9)