mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTACTCGCTCCGTCCCAAAAA TTTTGGACGGAGGGAGCATGC TGGTCAGATTATTAGCGGTCTACTCGCTCCGTCCCAAAAAAAGACAAACCCTGGGTTTCCGTGTCCAACTTTGATTGTCCGTCTTATATGAATTTTTTTTATAATTCGTATTTTCATTGTTGTTAGATGATAAAACATGATTAATATTTTATGCGTGACTTGTCTTTTTAATTTTTTTTTCATAATTTTTTCAAATAAGACGGACGGTCAAACGTTGGACACGGAAACCAGAGTTTGTCTTTTTTTTGGACGGAGGGAGCATGCAGATGAAATTGAATAT ATGGCACAAGCCTTTGCTGAGCGTGATGTTGCTGTCCTGGAGCTAGGTCAACGGTGTGCTCCGACGACCTGCAGTTAGGTTGCTGTTCCAGGAAGGGTTCACATCTGGTCCGTGGCATCACAAGTTCATACAGGAAGACGGGAAGAAGTGGAGGACTTTCTGTGATGTCATGGTGTGATTGGTAAAGATTTAGGTGCCAGAATTGGTCAGATTATTAGCGGTCTACTCGCTCCGTCCCAAAAAAAGACAAACCCTGGGTTTCCGTGTCCAACTTTGATTGTCCGTCTTATATGAATTTTTTTTATAATTCGTATTTTCATTGTTGTTAGATGATAAAACATGATTAATATTTTATGCGTGACTTGTCTTTTTAATTTTTTTTTCATAATTTTTTCAAATAAGACGGACGGTCAAACGTTGGACACGGAAACCAGAGTTTGTCTTTTTTTTGGACGGAGGGAGCATGCAGATGAAATTGAATATTGTAATCTAGGATCAATCAGTTTAGGATAGGAATGTATGACTTGGATTTCGTGATGCAAGGAAAAATAAATAGTACTACCTCCGTTTTTAAAAA 5 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 4e-40 osa-MIR812j 0.00000000000006 -102.4 ...((((.(((((.(((.....(((.((((((((.((((((((((((((.((((.((((((((((((((((((((((((((((((((.((((..........((((.((.((.(((((.......))))).)).)).(((..((....(((.....((....))....)))....))..))).))))..)))).)))))))))))))))))).)))))))))))))))))).)))))))))))))).)))))))).)))..))).)))))..)))).... (-102.4)