mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTACTCTATCCGTCCCAAAAT TTTTGTACGGGGGAGTAATA TGTTTTATCATCTACTCTATCCGTCCCAAAATATAAGCAATTTTCGGTGCATCTGACATATCGTAGGCCTATGAATCGCTCCGTGTCCAGATTCAGATTCATAGTCGTAGTATATGTCACGTCCACATAAAATCCTTTATATTTTTGTACGGGGGAGTAATAACAATAAA TTTTGCACAAATTTTGAACACTGAAATCTTAATTTGTACTCCATCCATACCATTTTAAGCGCAACCATTAGTTTTCGTGTCTAACTTTAATCATTTGTCTTATTTGAATTTTTTTTTAAAAAAATAAAAACATAAGTCATGCATAAAGTACTATTCATGTTTTATCATCTACTCTATCCGTCCCAAAATATAAGCAATTTTCGGTGCATCTGACATATCGTAGGCCTATGAATCGCTCCGTGTCCAGATTCAGATTCATAGTCGTAGTATATGTCACGTCCACATAAAATCCTTTATATTTTTGTACGGGGGAGTAATAACAATAAAAATACTAATCTTCTCTACTTACCTTAAAAAATAAGAGGTGCTTCTGTCGTCCGGAAAGAAACCGGGCG 5 1 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 0.0000006 100 -38.9 ............((((((..((((...((((((((((..(((((..(((.((.((((((((....(((.((((((((..................))))))))))).....)))))))).)).)))..)))))..))))))))))...)))).))))))........... (-38.9)