mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATCCCTTGTATTATGGGACA TCACAGAATATAAAGGATTGA AACAGGTTGTTACTACCTCCATCACAGAATATAAAGGATTGAGCTAAATCCCTTGTATTATGGGACAGAGATGGTACAAGATTTA GAAGGTGTTTCGAACCCACAAATGTACATTCCTTGTTTTGCTGCTGTTCAAGATTCCTGCTAGCCAGTTTCGACTGACAACAGGTTGTTACTACCTCCATCACAGAATATAAAGGATTGAGCTAAATCCCTTGTATTATGGGACAGAGATGGTACAAGATTTACAAGTTGCAATGATAAGGTCAGGTTGGGCACAGCTAACTAAGGATGATAGGAAGTTAGGAACTAATCAGTGCAAGGTAAGGCGTCTCCGATCATCATGGGGGGCAGCGGCCGGCCGGAAAGGGAACCTTGCAAACTTGATATTAAGAACAGCGGCGTCGGGTTTCCTCTCGTCGAAGCGGTATTCTGCAAAATCAATAATCTGAAAAATTCAGCTTATGCAACAAAGAAAAGCTCATGTTACAGCCTTAGGTTTAAAGTTGATTCCTACTATCCTTAGGTTTGCTATGAAATATGAGCGAACTGTCTGCCTTATTGTTTAAATAGCTACAGCTCTTGAAGGAAGATATGGTTAGTATCAGTGTGTCACAAGAATCTAACAGACACTGTGAACTGTGAAATACTACTGAAAGAAAAAAAGCCAATGGATACCATGCATATCAATTATCAAGACACCATTCAATTCTATATGTAATGTAACATGATTATAATCCCATACTAGCAAACCGACTCTGCCAGGATATATGAAAAGCTGTCAAGAGAATATCAATGCGATAAATCAATGACACCGGAATAACCTTGGAGAGCCTCCATAGCAGTTATTGCACATTTTGCATCACTGAACTCCACAAAGCATAGAACATAGGCCCTATCACTACTCT 5 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 0.0003 100 -20 ......((((.((((.(((..((.((.(((((((.(((((......))))).))))))).)).))..))).))))))))...... (-20)