mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGGCTAAACTTTAGTTCCTC GAGACTAAATTTAGTCCTAG GCTAAAGTGGGGCTAAACTTTAGTTCCTCTCACAAAAATATAAGTTCCTATTATAGAGACTTATATTTTTGTGAGAGAGACTAAATTTAGTCCTAGTTCCC ACGAGATGGCGCCGGCGCCGGCGGTCGGCGGCGGGTCATCGTCGGGGACAGAGCTGGAGGCGCTGCCGGCGACGTTCGACACAAGGGAATACTACCAGCCGGCGCCGCCGGTGAGCATGCTGGCCGCCGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGCAGTACTCGTCGGACCACCACCAGACTGCTCTCCACCTCGGCTACTTCAAGGTCGACTCCGGCAAAGGCGGCCTCCTCTAGATCGATCGCCATGGATGCAAATATTGCATGCATTCGATCGAATTATACTGTATTCCGTAAGAGCGACGACGATGAAGATGACAATAATTATTGTGGTATTGTACGTATAGTACGCTGGTAGACCTACGTATACGTATACGTATGTATGATGAAGAATAAGGTGGTGTTTGGTTGGAGGGGCTAAAGTGGGGCTAAACTTTAGTTCCTCTCACAAAAATATAAGTTCCTATTATAGAGACTTATATTTTTGTGAGAGAGACTAAATTTAGTCCTAGTTCCCAAACACCCCTAATATACATTTGTGGTGTGCATGCATGGTGTGTGGGTACTATATGATCAGAGTGTGCTGCATATGCGTATTCCGTTTGCTAGCTCTGACATGCATTTGTCTAAATATATATTTTTATTTATGCATATTGTTGCCATTTTTCTCTTGTGGAGTGGCATCTTAAAA 1 1 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 0.000001 100 -43.7 .......((((((((((.(((((((.((((((((((((((((((((.(((...))).)))))))))))))))))))).)))))))))))))))))...... (-43.7)