mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATGACTTACGTTGTGAACCG TTTCACAATGTAAGTCATTCT TTTCACAATGCCATTTCACAATGTAAGTCATTCTAACATTTCCCACATTCATATTTATGTAGTAGATTCATTAACATCAATATGAATATGAGAAATGCTAGAAACATTTCCCACATTCATATTTATGTTAATGAATCTAGATAGATACATTAACATCAATATGAATATGAGAAATGCTAGAATGACTTACGTTGTGAACCGGAGGGAGTAT CCTTTTTTCTGAACAACCATTTTCCTAACTCGTACAAAGTACTTCCTCCATTTCACAATGCCATTTCACAATGTAAGTCATTCTAACATTTCCCACATTCATATTTATGTAGTAGATTCATTAACATCAATATGAATATGAGAAATGCTAGAAACATTTCCCACATTCATATTTATGTTAATGAATCTAGATAGATACATTAACATCAATATGAATATGAGAAATGCTAGAATGACTTACGTTGTGAACCGGAGGGAGTATATACACACAAGCCATTCGGAAGGTCCTGCTGAATCCTAAACCATCCGCAAGTACGGAGGAGGGTGTCAAGGCTGAAGGTCATACTCCGACATTAGAAAAAAATCGAGTACTAACAGAAAAGGTTCCAATAAGCACGCTGGATATTGCCCTTCAAAGTTCAAACCAACACTTCAGCATGGTTCTTCTTTCCTTGACCAGAACAAGTGTAGCGAAGAACAAAAACGCATTCAACAACAGGCAATCTGCATAAACTTATACATCATGTTTTCTTTGTTGCCCATTGAGAGGCACTCAGCATATGGTACATCATCCAAATTGCCGGTCAACAAGAAAACAAAACCCTCAACCTCGGCACACGCGACAGTGTCTTTCGTCCTACTATCTTCAAAGAATATATCTTGCACCGGACAAAACTATATCCTTCCACGTATAGGGAGCCTGACATTTATATCCTTCATGTTAGCATTTGATGTTGGTGTTAGTGTTCAGGCAGGCTCGAGACCATATCATGTCAACCAAGATTGGTTGATGTCCCACTCCCAAACAATGCATTGTCTGCTGTTCAAGCT 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-30 osa-MIR809b 9e-28 -79 .(((......((..(((((((((((((((((((((.((((((.((.(((((((((.((((..(((((((((((((((.(((((((((.((.((((((.......)))))).)).))))))))).)))))))))))))))(((......))).)))).))))))))).)).)))))).)))))))))))))))))))))..))...)))... (-79)